Universitas menyediakan beberapa skema peluang pembebasan biaya kuliah bagi mahasiswa baru, mahasiswa yang sedang berjalan dan mahasiswa yang akan atau telah mengikuti ujian skripsi (Peraturan Rektor No. 2.1/UN34/VII/2019). Biaya pendidikan berkisar antara Rp. 500.000 sampai Rp. 9.000.000 berdasarkan aturan dan regulasi yang ditetapkan oleh UNY. Pada tahun 2020, karena Covid-19 Pandemi, mahasiswa yang terpengaruh secara finansial dapat mengajukan pengabaian biaya (Keputusan Rektor No. 2.20/UN34/V/2020).

Ada peluang beasiswa yang ditawarkan oleh pemerintah pusat dan daerah serta perusahaan nasional Indonesia. Sedikitnya ada 14 peluang beasiswa yang ditawarkan dan detailnya dapat dilihat di http://beasiswa.uny.ac.id/allbea/.